赤潮監(jiān)測的總目標是為了及時準確了解赤潮發(fā)展的現(xiàn)狀和趨勢，保護海洋生態(tài)系統(tǒng)，保障人體健康和生命安全，減輕和避免有害藻華對海水養(yǎng)殖、捕撈漁業(yè)、濱海旅游等海洋產業(yè)的損害，防止和減輕海洋赤潮災害造成的損失，并為赤潮的預測、早期預警系統(tǒng)的建立提供服務。
赤潮監(jiān)測目標一般分為兩大類：
海洋生物資源管理監(jiān)測：包括貝類資源;魚類資源和珍稀瀕危物種資源的管理監(jiān)測；
海洋環(huán)境質量管理監(jiān)測：包括娛樂水體和底質質量管理、對自然生態(tài)系與公共健康的保護的管理監(jiān)測；

近年來連續(xù)發(fā)生的海洋赤潮，面積大、周期長，嚴重破壞了海洋生態(tài)系統(tǒng)，給旅游業(yè)、漁業(yè)和水產養(yǎng)殖業(yè)造成了巨大損失。因此，對海洋赤潮發(fā)生區(qū)域及時進行監(jiān)測，可以有助于政府和相關部門采取相應措施，減少赤潮帶來的經濟損失，對保護海洋生態(tài)環(huán)境也具有重要意義。

海洋赤潮監(jiān)測(預警)報告應包括以下全部或部分內容。依據(jù)監(jiān)測目的、內容和具體要求,可對下列章節(jié)及內容適當增減。
1、 前言
2、 監(jiān)測方案
3、 監(jiān)測內容與檢測分析
4、 分析與評價
5、 跟蹤監(jiān)測
6、 赤潮災害（顯性）評估
7、 赤潮監(jiān)測結果的綜合分析與評價
8、 監(jiān)測監(jiān)視數(shù)據(jù)報表

赤潮是在特定的環(huán)境條件下，海水中的某些浮游植物、原生動物或細菌性增殖或高度聚集，引起水體變色或對海洋中其他生物產生危害的一種生態(tài)異常現(xiàn)象。赤潮監(jiān)測工作以赤潮監(jiān)測技術規(guī)程HYT069-2005為監(jiān)測標準，進行針對性監(jiān)測工作。

赤潮監(jiān)測項目和跟蹤監(jiān)測項目可按下表內容適當增減。有特殊目的的赤潮監(jiān)測內容可根據(jù)具體要求在此基礎上增加監(jiān)測內容。
觀測項目：赤潮位置與范圍、可視性采樣、色、味、嗅、漂浮物；
水文氣象要素：海表水溫、水色、透明度、鹽度、海況、海流流速、流向、日照、光衰減率、風速、風向、氣溫、氣壓、天氣現(xiàn)象、雨量、河流徑流量；
生物學要素：浮游植物(赤潮藻類)種類及數(shù)量、底棲微藻(赤潮藻類)種類及數(shù)量、其他赤潮生物(纖毛蟲類等)、底泥孢囊、浮游動物種類及數(shù)量、底棲生物(養(yǎng)殖生物)種類及數(shù)量、葉綠素a、異養(yǎng)細菌總數(shù)；
赤潮毒素：麻痹性貝毒(PSP)、腹瀉性貝毒(DSP)、神經性貝毒(NSP)、失憶性貝毒(ASP)、西加魚毒素(CFP)；
水化學要素：pH鹽度、溶解氧、活性磷酸鹽、活性硅酸鹽、亞硝酸鹽-氮、硝酸鹽-氮、氨-氮、油類、鐵、錳、海水中維生素B1、海水中維生素B12；

HYT069-2005 赤潮監(jiān)測技術規(guī)程
GB 3097—1997 海水水質標準
GB 12763.2 海洋調查規(guī)范海洋水文觀測
GB 12763.3 海洋調查規(guī)范海洋氣象觀測
GB 12763.6 海洋調查規(guī)范海洋生物調查
GB 17108 海洋功能區(qū)劃分技術導則
GB 17378.1 海洋監(jiān)測規(guī)范第1部分:總則
GB 17378.2 海洋監(jiān)測規(guī)范第2部分:數(shù)據(jù)處理與分析質量控制
GB 17378.3 海洋監(jiān)測規(guī)范第3部分:樣品采集,貯存與運輸
GB 17378.4 海洋監(jiān)測規(guī)范第4部分:海水分析
GB 17378.7 海洋監(jiān)測規(guī)范第7部分:近海污染生態(tài)調查和生物監(jiān)測
GB 18421—2001 海洋生物質量